Kanouté marcó el segundo gol del equipo, en una final que acabó con la victoria del Sevilla por 3-0, equipacion de inglaterra proclamándose supercampeón de Europa. La temporada 2006/07, comienza con la disputa el 25 de agosto de 2006, de la Supercopa de Europa 2006 ante el Barcelona. En esta temporada, también es clave para la consecución de la segunda Copa UEFA consecutiva, al anotar en la prórroga de la final ante el RCD Espanyol, el gol que adelantaba 2-1 al Sevilla, resuelta finalmente en una tanda de penaltis, en la que Kanouté transformó el primer lanzamiento.
